====== Comment présenter des séquences nucléiques ou protéiques? ======

===== Alignements de séquences =====

$\Reponse$  Le package [[ctanpkg>texshade|TeXshade]], d'Eric Beitz, permet de présenter joliment
des alignments multiples de séquences nucléiques ou protéiques.
Vous devez avoir réalisé l'alignement auparavant, et préparer un fichier ALN, MSA ou Fasta (aligné).
Si les séquence sont longues, ce package peut les représenter de façon graphique, par des motifs
colorés (//fingerprints//) au lieu d'afficher chaque résidu.

FIXME Donner un exemple concret, y compris la procédure d'alignement.

<note important>
Si votre alignement est gros, l'utilisation de TeXshade nécessitera que vous augmentiez
les paramètres ''main_memory'' et ''stack_size'' dans le fichier ''texmf.cnf''.

[[texdoc>tsfaq|Voir la FAQ spécifique de TeXshade.]]
</note>


===== Autres représentations de séquences biologiques =====

$\Reponse$  Le package [[ctanpkg>pgfmolbio]] propose de représenter:
  * des chromatogrammes (type séquençage Sanger),
  * des domaines le long d'une séquence:

<WRAP column 60ex>
<code latex>
\documentclass{article}
  \usepackage[domains]{pgfmolbio}
  \usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}

\begin{document}

\begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101}
  \addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25}
  \addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70}
  \addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30}
  \addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60}

  \addfeature[description=Et la fin,%
              style={very thick, draw=red},%
              range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86}
\end{pmbdomains}
\end{document}
</code>
</WRAP>
<WRAP column 40ex>
<latexdoc>
\documentclass{article}
  \usepackage[domains]{pgfmolbio}
  \usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
  \pagestyle{empty}
\begin{document}
\large
\begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101}
  \addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25}
  \addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70}
  \addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30}
  \addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60}

  \addfeature[description=Et la fin,%
              style={very thick, draw=red},%
              range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86}
\end{pmbdomains}
\end{document}
</latexdoc>
</WRAP>
<WRAP clear />


$\Reponse$  Enfin, [[ctanpkg>textopo|TeXtopo]] permet de dessiner la structure secondaire
d'une protéine, et [[wpfr>Repliement_des_protéines|son repliement]] en structures transmembranaires.


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//Sources://
  * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10842735/
  * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11159320/
  * https://tex.stackexchange.com/questions/400703/highlight-cpg-sites-with-texshade


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