Comment présenter des séquences nucléiques ou protéiques?

Alignements de séquences

$\Reponse$ Le package TeXshade, d'Eric Beitz, permet de présenter joliment des alignments multiples de séquences nucléiques ou protéiques. Vous devez avoir réalisé l'alignement auparavant, et préparer un fichier ALN, MSA ou Fasta (aligné). Si les séquence sont longues, ce package peut les représenter de façon graphique, par des motifs colorés (fingerprints) au lieu d'afficher chaque résidu.

Donner un exemple concret, y compris la procédure d'alignement.

Si votre alignement est gros, l'utilisation de TeXshade nécessitera que vous augmentiez les paramètres main_memory et stack_size dans le fichier texmf.cnf.

Voir la FAQ spécifique de TeXshade.

Autres représentations de séquences biologiques

$\Reponse$ Le package pgfmolbio propose de représenter:

des chromatogrammes (type séquençage Sanger),
des domaines le long d'une séquence:

\documentclass{article}
  \usepackage[domains]{pgfmolbio}
  \usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
 
\begin{document}
 
\begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101}
  \addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25}
  \addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70}
  \addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30}
  \addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60}
 
  \addfeature[description=Et la fin,%
              style={very thick, draw=red},%
              range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86}
\end{pmbdomains}
\end{document}

$\documentclass{article} \usepackage[domains]{pgfmolbio} \usetikzlibrary{decorations.pathreplacing} \pagestyle{empty} \begin{document} \large \begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101} \addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25} \addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70} \addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30} \addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60} \addfeature[description=Et la fin,% style={very thick, draw=red},% range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86} \end{pmbdomains} \end{document}$

$\Reponse$ Enfin, TeXtopo permet de dessiner la structure secondaire d'une protéine, et son repliement en structures transmembranaires.

Sources:

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